結局、よく分からないなら、オプションはデフォルトにしていた方が無難のようです。

先日来のGNOME2インストールで、#portupgrade -fr perl 以降ですが、
ある程度ほとんど、記録を取りつつ進めましたが、それを書くときりがないので、どこまで行ったかを記しますと、
ところどころでのエラー・ストップは、#portupgrade や #portmaster などでしのぎましたが、
/usr/ports/net-im/folks と /usr/ports/net-im/empathy のところでerrorが出てstopがかかり、
結局、#cvsup でソースを全て最新にしてから、#make buildworld までして、gnome2 を reinstall しても、
同じく、net-im/folks と net-im/empathy でエラー・ストップがかかり、gnome2-fifth-toe も途中で止まり、
xorg はインストールが出来ても ntpd エラーが出て、gnome2 が起動できません。
試しに、openntpd を make install しましたが、無駄な努力で結局解決しませんでした。
今回のトライでは、GNOME2インストールは、よく知らない内は、オプションはデフォルトのままの方が無難だということが分かったと思います。
現在、元の備忘録１, ２, ３ 通りに再インストール中です。

追記ですが、ntpdエラーは、ネットワーク設定に問題があったからかも知れません。
あと、少し気づいた点としては、データベース設定で、MYSQL、SQLITE3、PostgreSQLと欲張って全て付けたのもよくなかったかも知れません。もう少し常識的な設定にしないと問題が複雑過ぎて原因がさっぱり分かりません。